Situasi semakin rumit ketika Chie, kakak perempuan Yuuki, memperkenalkannya kepada Roka Kitsuregawa, kouhai-nya di klub basket. Roka mulai tertarik pada Yuuki, yang hanya tertarik pada Kotonoha. Untuk membuatnya cemburu, Roka berbohong dan mengaku sudah punya pacar, mantan teman sekelasnya, Makoto Itou. Sayangnya bagi mereka semua, kebohongan Roka memicu serangkaian peristiwa yang tak terduga…

Catatan: Cross Days berlatar di tengah alur cerita School Days yang asli dan memberikan versi alternatif tentang bagaimana kejadiannya mungkin terjadi.